C.S. Toro, J.C. Salazar, D.A. Montero, J.A. Ugalde, J. Díaz, L.A. Cádiz, T. Henríquez, C. García, P. Díaz, R. Camponovo, G. Hermosilla, M.T. Ulloa
(2022).
Antimicrobial Resistance Dynamics in Chilean Shigella sonnei Strains Within Two Decades: Role of Shigella Resistance Locus Pathogenicity Island and Class 1 and Class 2 Integrons.
Frontiers in Microbiology.
J. Wu, D. Danko, E. Afshinnekoo, D. Bezdan, M. Bhattacharyya, E. Castro-Nallar, A. Chmielarczyk, N.H. Hazrin-Chong, Y. Deng, E. Dias-Neto, A. Frolova, G. Mason-Buck, G. Iraola, S. Jang, P. Łabaj, P.K.H. Lee, M. Nieto-Caballero, O.O. Osuolale, C.A. Ouzounis, M.H. Perlin, B. Prithiviraj, N. Rascovan, A. Różańska, L.M. Schriml, T. Semmler, H. Suzuki, J.A. Ugalde, B. Young, J. Werner, M.M. Zambrano, Y. Zhao, C. Mason, T. Shi
(2022).
Annotating unknown species of urban microorganisms on a global scale unveils novel functional diversity and local environment association.
Environmental Research.
F. Encinas, K. Soto-Liebe, C. Aguirre-Nuñez, B. González, W. Bustamante, A. Schueftan, J. Ugalde, C. Blondel, R. Truffello, P. Araya, C. Freed
(2021).
Covid-19 and city: Towards an integrated model of housing, microbiology, environment and urbanism [COVID-19 y ciudad: Hacia un modelo integrado de vivienda, microbiología, ambiente y urbanismo].
Architecture, City and Environment.
D. Danko, D. Bezdan, E.E. Afshin, S. Ahsanuddin, C. Bhattacharya, D.J. Butler, K.R. Chng, D. Donnellan, J. Hecht, K. Jackson, K. Kuchin, M. Karasikov, A. Lyons, L. Mak, D. Meleshko, H. Mustafa, B. Mutai, R.Y. Neches, A. Ng, O. Nikolayeva, T. Nikolayeva, E. Png, K.A. Ryon, J.L. Sanchez, H. Shaaban, M.A. Sierra, D. Thomas, B. Young, O.O. Abudayyeh, J. Alicea, M. Bhattacharyya, R. Blekhman, E. Castro-Nallar, A.M. Cañas, A.D. Chatziefthimiou, R.W. Crawford, F. De Filippis, Y. Deng, C. Desnues, E. Dias-Neto, M. Dybwad, E. Elhaik, D. Ercolini, A. Frolova, D. Gankin, J.S. Gootenberg, A.B. Graf, D.C. Green, I. Hajirasouliha, J.J.A. Hastings, M. Hernandez, G. Iraola, S. Jang, A. Kahles, F.J. Kelly, K. Knights, N.C. Kyrpides, P.P. Łabaj, P.K.H. Lee, M.H.Y. Leung, P.O. Ljungdahl, G. Mason-Buck, K. McGrath, C. Meydan, E.F. Mongodin, M.O. Moraes, N. Nagarajan, M. Nieto-Caballero, H. Noushmehr, M. Oliveira, S. Ossowski, O.O. Osuolale, O. Özcan, D. Paez-Espino, N. Rascovan, H. Richard, G. Rätsch, L.M. Schriml, T. Semmler, O.U. Sezerman, L. Shi, T. Shi, R. Siam, L.H. Song, H. Suzuki, D.S. Court, S.W. Tighe, X. Tong, K.I. Udekwu, J.A. Ugalde, B. Valentine, D.I. Vassilev, E.M. Vayndorf, T.P. Velavan, J. Wu, M.M. Zambrano, J. Zhu, S. Zhu, C.E. Mason, N. Abdullah, M. Abraao, A.-H. Adel, M. Afaq, F.S. Al-Quaddoomi, I. Alam, G.E. Albuquerque, A. Alexiev, K. Ali, S. Aly, J. Amachee, M.G. Amorim, M. Ampadu, M.A.-F. Amran, N. An, W. Andrew, H. Andrianjakarivony, M. Angelov, V. Antelo, C. Aquino, Á. Aranguren, L.F. Araujo, H.F. Vasquez Arevalo, J. Arevalo, C. Arnan, L.E. Alvarado Arnez, F. Arredondo, M. Arthur, F. Asenjo, T.S. Aung, J. Auvinet, N. Aventin, S. Ayaz, S. Baburyan, A.-M. Bakere, K. Bakhl, T.F. Bartelli, E. Batdelger, F. Baudon, K. Becher, C. Bello, M. Benchouaia, H. Benisty, A.-S. Benoiston, J. Benson, D. Benítez, J. Bernardes, D. Bertrand, S. Beurmann, T. Bitard-Feildel, L. Bittner, C. Black, G. Blanc, B. Blyther, T. Bode, J. Boeri, B. Boldgiv, K. Bolzli, A. Bordigoni, C. Borrelli, S. Bouchard, J.-P. Bouly, A. Boyd, G.P. Branco, A. Breschi, B. Brindefalk, C. Brion, A. Briones, P. Buczansla, C.M. Burke, A. Burrell, A. Butova, I. Buttar, J. Bynoe, S. Bönigk, K.O. Bøifot, H. Caballero, X.W. Cai, D. Calderon, A. Cantillo, M. Carbajo, A. Carbone, A. Cardenas, K. Carrillo, L. Casalot, S. Castro, A.V. Castro, A. Castro, A.V.B. Castro, S. Cawthorne, J. Cedillo, S. Chaker, J. Chalangal, A. Chan, A.I. Chasapi, S. Chatziefthimiou, S.R. Chaudhuri, A.K. Chavan, F. Chavez, G. Chem, X. Chen, M. Chen, J.-W. Chen, A. Chernomoretz, A. Chettouh, D. Cheung, D. Chicas, S. Chiu, H. Choudhry, C. Chrispin, K. Ciaramella, E. Cifuentes, J. Cohen, D.A. Coil, S. Collin, C. Conger, R. Conte, F. Corsi, C.N. Cossio, A.F. Costa, D. Cuebas, B. D'Alessandro, K.E. Dahlhausen, A.E. Darling, P. Das, L.B. Davenport, L. David, N.R. Davidson, G. Dayama, S. Delmas, C.K. Deng, C. Dequeker, A. Desert, M. Devi, F.S. Dezem, C.N. Dias, T.R. Donahoe, S. Dorado, L. Dorsey, V. Dotsenko, S. Du, A. Dutan, N. Eady, J.A. Eisen, M. Elaskandrany, L. Epping, J.P. Escalera-Antezana, C.L. Ettinger, I. Faiz, L. Fan, N. Farhat, E. Faure, F. Fauzi, C. Feigin, S. Felice, L.P. Ferreira, G. Figueroa, A. Fleiss, D. Flores, J.L. Velasco Flores, M.A.S. Fonseca, J. Foox, J.C. Forero, A. Francis, K. French, P. Fresia, J. Friedman, J.J. Fuentes, J. Galipon, M. Garcia, L. Garcia, C. García, A. Geiger, S.M. Gerner, S.L. Ghose, D.P. Giang, M. Giménez, D. Giovannelli, D. Githae, S. Gkotzis, L. Godoy, S. Goldman, G.H. Gonnet, J. Gonzalez, A. Gonzalez, C. Gonzalez-Poblete, A. Gray, T. Gregory, C. Greselle, S. Guasco, J. Guerra, N. Gurianova, W. Haehr, S. Halary, F. Hartkopf, A. Hawkins-Zafarnia, N.H. Hazrin-Chong, E. Helfrich, E. Hell, T. Henry, S. Hernandez, P.L. Hernandez, D. Hess-Homeier, L.E. Hittle, N.X. Hoan, A. Holik, C. Homma, I. Hoxie, M. Huber, E. Humphries, S. Hyland, A. Hässig, R. Häusler, N. Hüsser, R.A. Petit, B. Iderzorig, M. Igarashi, S.B. Iqbal, S. Ishikawa, S. Ishizuka, S. Islam, R. Islam, K. Ito, S. Ito, T. Ito, T. Ivankovic, T. Iwashiro, S. Jackson, J. Jacobs, M. James, M. Jaubert, M.-L. Jerier, E. Jiminez, A. Jinfessa, Y. De Jong, H.W. Joo, G. Jospin, T. Kajita, A.S. Ahmad Kassim, N. Kato, A. Kaur, I. Kaur, F. de Souza Gomes Kehdy, V.S. Khadka, S. Khan, M. Khavari, M. Ki, G. Kim, H.J. Kim, S. Kim, R.J. King, G. KoLoMonaco, E. Koag, N. Kobko-Litskevitch, M. Korshevniuk, M. Kozhar, J. Krebs, N. Kubota, A. Kuklin, S.S. Kumar, R. Kwong, L. Kwong, I. Lafontaine, J. Lago, T.Y. Lai, E. Laine, M. Laiola, O. Lakhneko, I. Lamba, G. de Lamotte, R. Lannes, E. De Lazzari, M. Leahy, H. Lee, Y. Lee, L. Lee, V. Lemaire, E. Leong, D. Lewandowska, C. Li, W. Liang, M. Lin, P. Lisboa, A. Litskevitch, E.M. Liu, T. Liu, M.A. Livia, Y.H. Lo, S. Losim, M. Loubens, J. Lu, O. Lykhenko, S. Lysakova, S. Mahmoud, S.A. Majid, N. Makogon, D. Maldonado, K. Mallari, T.M. Malta, M. Mamun, D. Manoir, G. Marchandon, N. Marciniak, S. Marinovic, B. Marques, N. Mathews, Y. Matsuzaki, V. Matthys, M. May, E. McComb, A. Meagher, A. Melamed, W. Menary, K.N. Mendez, A. Mendez, I.M. Mendy, I. Meng, A. Menon, M. Menor, R. Meoded, N. Merino, K. Miah, M. Mignotte, T. Miketic, W. Miranda, A. Mitsios, R. Miura, K. Miyake, M.D. Moccia, N. Mohan, M. Mohsin, K. Moitra, M. Moldes, L. Molina, J. Molinet, O.-E. Molomjamts, E. Moniruzzaman, S. Moon, I. de Oliveira Moraes, M. Moreno, M.S. Mosella, J.W. Moser, C. Mozsary, A.L. Muehlbauer, O. Muner, M. Munia, N. Munim, M. Muscat, T. Mustac, C. Muñoz, F. Nadalin, A. Naeem, D. Nagy-Szakal, M. Nakagawa, A. Narce, M. Nasu, I.G. Navarrete, H. Naveed, B. Nazario, N.R. Nedunuri, T. Neff, A. Nesimi, W.C. Ng, S. Ng, G. Nguyen, E. Ngwa, A. Nicolas, P. Nicolas, A. Nika, H. Noorzi, A. Nosrati, D.N. Nunes, K. O'Brien, N.B. O'Hara, G. Oken, R.A. Olawoyin, J.Q. Oliete, K. Olmeda, T. Oluwadare, I.A. Oluwadare, N. Ordioni, J. Orpilla, J. Orrego, M. Ortega, P. Osma, I.O. Osuolale, O.M. Osuolale, M. Ota, F. Oteri, Y. Oto, R. Ounit, C.A. Ouzounis, S. Pakrashi, R. Paras, C. Pardo-Este, Y.-J. Park, P. Pastuszek, S. Patel, J. Pathmanathan, A. Patrignani, M. Perez, A. Peros, S. Persaud, A. Peters, A. Phillips, L. Pineda, M.P. Pizzi, A. Plaku, B. Pompa-Hogan, M.G. Portilla, L. Posada, M. Priestman, B. Prithiviraj, S. Priya, P. Pugdeethosal, C.E. Pugh, B. Pulatov, A. Pupiec, K. Pyrshev, T. Qing, S. Rahiel, S. Rahmatulloev, K. Rajendran, A. Ramcharan, A. Ramirez-Rojas, S. Rana, P. Ratnanandan, T.D. Read, H. Rehrauer, R. Richer, A. Rivera, M. Rivera, A. Robertiello, C. Robinson, P. Rodríguez, N.A. Rojas, P. Roldán, A. Rosario, S. Roth, M. Ruiz, S.E. Boja Ruiz, K. Russell, M. Rybak, T.S. Sabedot, M. Sabina, I. Saito, Y. Saito, G.A. Malca Salas, C. Salazar, K.M. San, J. Sanchez, K. Sanchir, R. Sankar, P.T. de Souza Santos, Z. Saravi, K. Sasaki, Y. Sato, M. Sato, S. Sato, R. Sato, K. Sato, N. Sayara, S. Schaaf, O. Schacher, A.-L.M. Schinke, R. Schlapbach, C. Schori, J.R. Schriml, F. Segato, F. Sepulveda, M.S. Serpa, P.F. De Sessions, J.C. Severyn, M. Shakil, S. Shalaby, A. Shari, H. Shim, H. Shirahata, Y. Shiwa, O. Da Silva, J.M. Silva, G. Simon, S.K. Singh, K. Sluzek, R. Smith, E. So, N. Andreu Somavilla, Y. Sonohara, N. Rufino de Sousa, C. Souza, J. Sperry, N. Sprinsky, S.G. Stark, A. La Storia, K. Suganuma, H. Suliman, J. Sullivan, A.A.M. Supie, C. Suzuki, S. Takagi, F. Takahara, N. Takahashi, K. Takahashi, T. Takeda, I.K. Takenaka, S. Tanaka, A. Tang, Y. Man Tang, E. Tarcitano, A. Tassinari, M. Taye, A. Terrero, E. Thambiraja, A. Thiébaut, S. Thomas, A.M. Thomas, Y. Togashi, T. Togashi, A. Tomaselli, M. Tomita, I. Tomita, O. Toth, N.C. Toussaint, J.M. Tran, C. Truong, S.I. Tsonev, K. Tsuda, T. Tsurumaki, M. Tuz, Y. Tymoshenko, C. Urgiles, M. Usui, S. Vacant, L.E. Vann, F. Velter, V. Ventorino, P. Vera-Wolf, R. Vicedomini, M.A. Suarez-Villamil, S. Vincent, R. Vivancos-Koopman, A. Wan, C. Wang, T. Warashina, A. Watanabe, S. Weekes, J. Werner, D. Westfall, L.H. Wieler, M. Williams, S.A. Wolf, B. Wong, Y.L. Wong, T. Wong, R. Wright, T. Wunderlin, R. Yamanaka, J. Yang, H. Yano, G.C. Yeh, O. Yemets, T. Yeskova, S. Yoshikawa, L. Zafar, Y. Zhang, S. Zhang, A. Zhang, Y. Zheng, S. Zubenko
(2021).
A global metagenomic map of urban microbiomes and antimicrobial resistance.
Cell.
K.R. Chng, C. Li, D. Bertrand, A.H.Q. Ng, J.S. Kwah, H.M. Low, C. Tong, M. Natrajan, M.H. Zhang, L. Xu, K.K.K. Ko, E.X.P. Ho, T.V. Av-Shalom, J.W.P. Teo, C.C. Khor, S.L. Chen, C.E. Mason, O.T. Ng, K. Marimuthu, B. Ang, N. Nagarajan, D. Danko, D. Bezdan, E. Afshinnekoo, S. Ahsanuddin, C. Bhattacharya, D.J. Butler, F. De Filippis, J. Hecht, A. Kahles, M. Karasikov, N.C. Kyrpides, M.H.Y. Leung, D. Meleshko, H. Mustafa, B. Mutai, R.Y. Neches, A. Ng, M. Nieto-Caballero, O. Nikolayeva, T. Nikolayeva, E. Png, J.L. Sanchez, H. Shaaban, M.A. Sierra, X. Tong, B. Young, J. Alicea, M. Bhattacharyya, R. Blekhman, E. Castro-Nallar, A.M. Cañas, A.D. Chatziefthimiou, R.W. Crawford, Y. Deng, C. Desnues, E. Dias-Neto, D. Donnellan, M. Dybwad, E. Elhaik, D. Ercolini, A. Frolova, A.B. Graf, D.C. Green, I. Hajirasouliha, M. Hernandez, G. Iraola, S. Jang, A. Jones, F.J. Kelly, K. Knights, P.P. Labaj, P.K.H. Lee, L. Shawn, P. Ljungdahl, A. Lyons, G. Mason-Buck, K. McGrath, E.F. Mongodin, M.O. Moraes, H. Noushmehr, M. Oliveira, S. Ossowski, O.O. Osuolale, O. Özcan, D. Paez-Espino, N. Rascovan, H. Richard, G. Rätsch, L.M. Schriml, T. Semmler, O.U. Sezerman, L. Shi, L.H. Song, H. Suzuki, D.S. Court, D. Thomas, S.W. Tighe, K.I. Udekwu, J.A. Ugalde, B. Valentine, D.I. Vassilev, E. Vayndorf, T.P. Velavan, M.M. Zambrano, J. Zhu, S. Zhu
(2020).
Cartography of opportunistic pathogens and antibiotic resistance genes in a tertiary hospital environment.
Nature Medicine.
E.M. Bik, S.W. Bird, J.P. Bustamante, L.E. Leon, P.A. Nieto, K. Addae, V. Alegría-Mera, C. Bravo, D. Bravo, J.P. Cardenas, G.A. Carson, A. Caughey, P.C. Covarrubias, J. Pérez-Donoso, G. Gass, S.L. Gupta, K. Harman, D.M.B. Hongo, J.C. Jiménez, L. Kraal, F. Melis-Arcos, E.H. Morales, A. Morton, C.F. Navas, H. Nuñez, E. Olivares, N. Órdenes-Aenishanslins, F.J. Ossandon, R. Phan, R. Pino, K. Soto-Liebe, I. Varas, P. Vera-Wolf, N.A. Walton, D.E. Almonacid, A.D. Goddard, J.A. Ugalde, S. Zneimer, J. Richman, Z.S. Apte
(2019).
A novel sequencing-based vaginal health assay combining self-sampling, HPV detection and genotyping, STI detection, and vaginal microbiome analysis.
PLoS ONE.
A.M. Plominsky, C. Henríquez-Castillo, N. Delherbe, S. Podell, S. Ramirez-Flandes, J.A. Ugalde, J.F. Santibañez, G. van den Engh, K. Hanselmann, O. Ulloa, R. De la Iglesia, E.E. Allen, N. Trefault
(2018).
Distinctive archaeal composition of an artisanal crystallizer pond and functional insights into salt-saturated hypersaline environment adaptation.
Frontiers in Microbiology.
A. Undabarrena, F. Salvà-Serra, D. Jaén-Luchoro, E. Castro-Nallar, K.N. Mendez, R. Valencia, J.A. Ugalde, E.R.B. Moore, M. Seeger, B. Cámara
(2018).
Complete genome sequence of the marine Rhodococcus sp. H-CA8f isolated from Comau fjord in Northern Patagonia, Chile.
Marine Genomics.
P. Morales, S. Fujio, P. Navarrete, J.A. Ugalde, F. Magne, C. Carrasco-Pozo, K. Tralma, M. Quezada, C. Hurtado, N. Covarrubias, J. Brignardello, D. Henriquez, M. Gotteland
(2016).
Impact of Dietary Lipids on Colonic Function and Microbiota: An Experimental Approach Involving Orlistat-Induced Fat Malabsorption in Human Volunteers.
Clinical and Translational Gastroenterology.
L.J. Martin, R.I. Adams, A. Bateman, H.M. Bik, J. Hawks, S.M. Hird, D. Hughes, S.W. Kembel, K. Kinney, S.-O. Kolokotronis, G. Levy, C. McClain, J.F. Meadow, R.F. Medina, G. Mhuireach, C.S. Moreau, J. Munshi-South, L.M. Nichols, C. Palmer, L. Popova, C. Schal, M. Täubel, M. Trautwein, J.A. Ugalde, R.R. Dunn
(2015).
Evolution of the indoor biome.
Trends in Ecology and Evolution.
F. Malfatti, V. Turk, T. Tinta, P. Mozetič, M. Manganelli, T.J. Samo, J.A. Ugalde, N. Kovač, M. Stefanelli, M. Antonioli, S. Fonda-Umani, P. Del Negro, B. Cataletto, A. Hozić, N. Ivošević DeNardis, V. Žutić, V. Svetličić, T. Mišić Radić, T. Radić, D. Fuks, F. Azam
(2014).
Microbial mechanisms coupling carbon and phosphorus cycles in phosphorus-limited northern Adriatic Sea.
Science of the Total Environment.
A.M. Plominsky, N. Delherbe, J.A. Ugalde, E.E. Allen, M. Blanchet, P. Ikeda, F. Santibañez, K. Hanselmann, O. Ulloa, R. De la Iglesia, P. von Dassow, M. Astorga, M.J. Gálvez, M.L. González, C. Henríquez-Castillo, D. Vaulot, A.L. do Santos, G. van den Engh, C. Gimpel, F. Bertoglio, Y. Delgado, F. Docmac, C. Elizondo-Patrone, S. Narváez, F. Sorroche, M. Rojas-Herrera, N. Trefault
(2014).
Metagenome sequencing of the microbial community of a solar saltern crystallizer pond at Cáhuil Lagoon, Chile.
Genome Announcements.
D.A. Shagin, E.V. Barsova, Y.G. Yanushevich, A.F. Fradkov, K.A. Lukyanov, Y.A. Labas, T.N. Semenova, J.A. Ugalde, A. Meyers, J.M. Nunez, E.A. Widder, S.A. Lukyanov, M.V. Matz
(2004).
GFP-like Proteins as Ubiquitous Metazoan Superfamily: Evolution of Functional Features and Structural Complexity.
Molecular Biology and Evolution.